211service.com
Google vēlas saglabāt jūsu genomu
Google tuvojas slimnīcām un universitātēm ar jaunu virzienu. Vai ir genomi? Glabājiet tos pie mums.
Meklēšanas giganta pirmais produkts DNS laikmetam ir Google Genomics — mākoņdatošanas pakalpojums, ko tas izlaida pagājušā gada martā, bet lielākoties palika nepamanīts Google augsta līmeņa pētniecības un attīstības paziņojumu straumē, piemēram, pagājušā mēneša beigās par tālejošu plānu cīnīties. vēzis ar nanodaļiņām (skatiet sadaļu Vai Google var izmantot nanodaļiņas vēža meklēšanai?).
Google Genomika varētu izrādīties nozīmīgāka nekā jebkurš no šiem moonshots. Tūkstošiem un drīzumā miljoniem genomu savienošana un salīdzināšana ir tas, kas nākamajā desmitgadē veicinās medicīnas atklājumus. Jautājums par to, kurš glabās datus, jau ir pieaugošās konkurences punkts starp Amazon, Google, IBM un Microsoft.
Google sāka darbu pie Google Genomics pirms 18 mēnešiem, tiekoties ar zinātniekiem un izveidojot saskarni jeb API, kas ļauj viņiem pārvietot DNS datus uz serveru fermām un veikt tur eksperimentus, izmantojot to pašu datu bāzes tehnoloģiju, kas indeksē tīmekli un izseko miljardiem interneta lietotāju. .
Mēs redzējām, ka biologi pāriet no viena genoma izpētes uz miljoniem, saka Deivids Glezers, programmatūras inženieris, kurš vadīja centienus un iepriekš bija sociālā tīkla Google+ platformu izstrādes vadītājs. Ir iespēja izmantot datu tehnoloģiju sasniegumus, lai palīdzētu veikt šo pāreju.
Daži zinātnieki ņirgājas, ka genoma dati joprojām ir pārāk sarežģīti, lai Google varētu palīdzēt. Bet citi redz, ka gaidāmas lielas pārmaiņas. Kad Stenfordas bioinformātikas eksperts Atuls Butte dzirdēja, ka Google prezentēja savus šī gada plānus, viņš atzīmēja, ka tagad saprot, kā ceļojumu aģenti jutās, kad ieraudzīja Expedia.
Datu eksplozija notiek, kad laboratorijas pieņem jaunu, vēl ātrāku aprīkojumu DNS dekodēšanai. Piemēram, Plašais institūts Kembridžā, Masačūsetsā, teica, ka oktobra mēnesī tas ik pēc 32 minūtēm atšifrēja viena cilvēka genoma ekvivalentu. Tas nozīmēja aptuveni 200 terabaitus neapstrādātu datu.
Šī datu plūsma ir mazāka par to, ko parasti apstrādā lielie interneta uzņēmumi (divu mēnešu laikā Broad radīs ekvivalentu tiem, kas tiek augšupielādēti pakalpojumā YouTube vienā dienā), taču tā pārsniedz visu, ar ko biologi ir nodarbojušies. Tas tagad liek veikt lielas pūles, lai saglabātu datus un piekļūtu tiem centrālās vietās, bieži vien komerciālās vietās. Nacionālais vēža institūts pagājušajā mēnesī paziņoja, ka maksās 19 miljonus ASV dolāru, lai pārvietotu 2,6 petabaitu vēža genoma atlanta kopijas mākonī. Datu kopijas no vairākiem tūkstošiem vēža pacientu atradīsies gan Google Genomics, gan Amazon datu centros.
Ideja ir izveidot vēža genoma mākoņus, kuros zinātnieki var apmainīties ar informāciju un ātri veikt virtuālus eksperimentus tikpat vienkārši kā tīmeklī, saka Šeila Reinoldsa, Sietlas Sistēmu bioloģijas institūta pētniece. Viņa saka, ka ne visiem ir iespēja lejupielādēt petabaitu datu vai skaitļošanas jauda, lai ar to strādātu.
Arī DNS datu pārvietošanas uz mākoni paātrināšana ir bijis gadu ilgs cenu karš starp Google un Amazon. Google saka, ka tagad par genoma glabāšanu un vairāk par tā aprēķinu veikšanu jāmaksā aptuveni 25 USD gadā. Zinātniskie neapstrādātie dati, kas atspoguļo vienas personas genomu, ir aptuveni 100 gigabaitu lieli, lai gan cilvēka ģenētiskā koda slīpēta versija ir daudz mazāka, mazāka par gigabaitu. Tas izmaksātu tikai USD 0,25 centus gadā.
Mākoņkrātuve sniedz stimulu tādiem jaunizveidotiem uzņēmumiem kā Tute Genomics, DNANexus, Seven Bridges un NextCode Health. Šie uzņēmumi veido pārlūkprogrammas, kuras slimnīcas un zinātnieki var izmantot ģenētisko datu izpētei. Google vai Amazon ir aizmugure. Viņi saka: 'Ei, jūs varat izveidot genomikas uzņēmumu mūsu mākonī,' saka Denizs Kurals, Seven Bridges izpilddirektors, kas glabā genoma datus 1600 pētnieku vārdā Amazon mākonī.
Viņš saka, ka svarīgākais ir tas, ka medicīna drīzumā paļausies uz sava veida globālu DNS internetu, ko ārsti varēs meklēt. Mūsu skatījums ir tāds, ka, ja es nākotnē saslimtu ar plaušu vēzi, ārsti secinās manu genomu un mana audzēja genomu un pēc tam tos izpētīs datubāzē, kurā ir 50 miljoni citu genomu, viņš saka. Rezultāts būs “Ei, lūk, zāles, kas jums darbosies vislabāk”.
Uzņēmums Google Glezers saka, ka viņš sāka strādāt pie Google Genomics, jo kļuva skaidrs, ka bioloģija pāries no amatniecības uz rūpnīcas mēroga datu ražošanu. Viņš sāka, mācot sev ģenētiku, apmeklējot tiešsaistes nodarbību “Ievads bioloģijā”, ko pasniedza Broda vadītājs Ēriks Lenders. Viņš arī sekvencēja savu genomu un ievietoja to Google mākonī.
Glezers neteiks, cik liels ir Google Genomics un cik klientu tam tagad ir, taču Google serveros jau ir saglabāti vismaz 3500 genomi no publiskiem projektiem. Viņš arī saka, ka pagaidām nav saiknes starp Google mākoni un tā spekulatīvākajiem centieniem veselības aprūpē, piemēram, uzņēmums Google, ko šogad izveidoja ar nosaukumu Calico, lai izpētītu, kā pagarināt cilvēku dzīves ilgumu. Tas, kas tos saista, ir tikai pieaugoša atziņa, ka tehnoloģija var veicināt dzīvības zinātņu jaunākos sasniegumus, saka Glazers.
Somalee Datta, fiziķe, kas pārvalda Stenfordas universitātes lielāko datoru klasteri ģenētikas datiem, saka, ka neseno cenu samazinājumu dēļ genomu glabāšana Google vai Amazon maksā apmēram tikpat, cik viņas pašas datu centrā. Cenas beidzot kļūst saprātīgas, un mēs domājam, ka tās turpinās kristies, viņa saka.
Datta saka, ka daži Stenfordas zinātnieki ir sākuši izmantot Google datu bāzes sistēmu BigQuery, ko Glazera komanda ir padarījusi saderīgu ar genoma datiem. Tas tika izstrādāts, lai analizētu lielas surogātpasta, tīmekļa dokumentu vai patērētāju pirkumu datu bāzes. Bet tas var arī ātri veikt ļoti lielus eksperimentus, salīdzinot tūkstošiem vai desmitiem tūkstošu cilvēku genomu, ko pētnieki vēlas izmēģināt. Dažreiz viņi vēlas darīt trakas lietas, un jums ir nepieciešams mērogs, lai to paveiktu, saka Datta. Tā var tikt galā ar mēroga ģenētikas sniegtajām iespējām, tāpēc tā ir īstā tehnoloģija jaunai problēmai.