211service.com
Startup izmanto mākoni, lai atšķetinātu DNS
Kopš cilvēka genoma projekta pabeigšanas 2003. gadā virkne tehnoloģisko progresu ir padarījusi cilvēka genoma sekvencēšanu ātrāku un lētāku. Bet joprojām pastāv liela problēma: ko jūs darāt ar visiem šiem datiem, kad esat tos atšķetījis?
DNS analītiķis: Andreass Sundkvists līdzdibināja DNAnexus — uzņēmumu, kas izmanto mākoņdatošanu, lai analizētu sekvencētu DNS.
Andreasam Sundkvistam atbilde ir nosūtīt to uz mākoni. Sundquist ir izpilddirektors un līdzdibinātājs DNSnexus , programmatūras starta programma, kas atrodas starp DNS sekvencēšanas iekārtām un tiem, kam jāpārvalda sekvencētie genomi un jāsavāc informācija no tiem, tostarp akadēmiskie pētnieki, ārsti un biotehnoloģiju un farmācijas uzņēmumi.
Viņš saka, ka jo vairāk un vairāk datu jūs iegūstat ātrāk un lētāk, jo vairāk sastrēgumu, kas agrāk bija pati DNS sekvencēšana, tagad ir datu pārvaldība.
Sundkvists uzskata savu uzņēmumu par tūlītēju tiešsaistes genomikas centru, kas klientiem piedāvā tūlītēju piekļuvi plašiem DNS datu krātuvēm un analīzes rīkiem, lai viņi varētu to visu saprast un, iespējams, piedāvāt labākus vēža un ģenētisko slimību ārstēšanas veidus, kā arī identificēt ģenētiskās saites ar tādām slimībām kā autisms un alkoholisms.
Lūk, kā tas darbojas: jūsu laboratorijas dati tiek augšupielādēti DNSnexus, izmantojot tīmekļa pārlūkprogrammu, vai nosūtīti, izmantojot DNS sekvencēšanas iekārtu, kas savienota ar internetu. Pēc tam tas atrodas jūsu mākoņa kontā (uzņēmums izmanto Amazon un Google mākoņpakalpojumus). Jūs piesakāties kontā savā datorā, lai skatītu datus, un izmantojiet DNAnexus rīkus, lai tos analizētu.
Galu galā Sundquist cer, ka DNAnexus apvienos daudz dažādu ģenētisku datu bāzu (kurām pašlaik ir tendence pastāvēt pašas, bez saiknes ar citām), palīdzot pētniecības centieniem, zāļu atklājumiem un uz zālēm orientētu diagnostikas testu izveidē.
Un Sundquist sagaida, ka Mauntinvjū, Kalifornijā bāzētā DNAnexus pakalpojumu tirgus strauji pieaugs. Viņš lēš, ka visā pasaulē jau ir sekvencēti aptuveni 20 000 pilnu genomu, un prognozē, ka pēc vairākiem gadiem tas pieaugs līdz miljonam, jo cena un nepieciešamais laiks turpina samazināties (pašlaik viņš lēš, ka process aizņem apmēram dienu un maksā aptuveni 4000 USD). . Viņš lēš, ka visi šie dati sasniegs vairāk nekā eksabaitu datu — vienu miljardu gigabaitu, un, lai to visu analizētu, būs nepieciešami simtiem tūkstošu centrālo procesoru vienību.
DNAnexus nav vienīgais uzņēmums, kas liek uz šo izaugsmi. Deivids Dūlings , Vašingtonas Universitātes Genoma institūta direktora asistents Sentluisā, norāda, ka arī vairāki citi uzņēmumi piedāvā mākoņdatošanas DNS analīzes pakalpojumus, tostarp Apgaismot .
Es domāju, ka noteikti ir labi, ka ir cilvēki, kas cenšas padarīt analīzi pieejamāku plašākai sabiedrībai, saka Dūlings. Manuprāt, tas ir sarežģīts vērtības piedāvājums, jo daudzi cilvēki to tagad cenšas darīt.
Ja Sundkvista cerības piepildīsies, būs daudz darba. Viņš sagaida, ka nākamajos trīs gados tiks sekvencēti miljoniem genomu. Pēc 10 gadiem, pēc viņa domām, ikvienam attīstītajā pasaulē viņu genoms tiks sekvenēts kā daļa no viņu medicīniskajiem dokumentiem, un daudziem bērniem viņu genoms tiks sekvenēts, kad viņi piedzims.
Kādu dienu drīz, kad dosieties uz laboratoriju un veiksiet testu, daži no šiem testiem būtībā būs programmatūra, kas darbojas ar genomu, kas jau ir daļa no jūsu ieraksta, viņš saka.
Tas nenozīmē, ka mēs visi drīzumā izrauksim matus vai izsūksim vaigu un nosūtīsim to uz laboratoriju, lai veiktu genomu sekvencēšanu. Sundkvista skatījumā uz nākotni tas būs vēl vienkāršāk. Es domāju, ka jūs, iespējams, iebāzīsit īkšķi savā mobilajā tālrunī, un tas būs iebūvēts, viņš smaidot saka. Esmu pārliecināts, ka iPhone 10 būs DNS sekvencēšanas modulis.