Trīs jautājumi Dž. Kreigam Venteram

Genoma zinātnieks un uzņēmējs Dž. Kreigs Venters ir vislabāk pazīstams ar to, ka viņš ir pirmais cilvēks, kurš 2001. gadā sekvencējis savu genomu.

Šogad viņš nodibināja jaunu uzņēmumu Human Longevity, kura mērķis ir līdz 2020. gadam sekvencēt vienu miljonu cilvēka genomu un galu galā piedāvāt tīmekļa programmas, lai palīdzētu cilvēkiem uzglabāt un izprast savus ģenētiskos datus (skatiet sadaļu Mikrobi un metabolīti, kas veicina vērienīgu novecošanas projektu). .

J. Kreigs Venters

Venters saka, ka viņš līdz šim ir sekvencējis 500 cilvēku genomus un ka brīvprātīgie sāk iziet arī virkni testu, mērot viņu spēku, smadzeņu izmēru, cik daudz asiņu sūknē viņu sirds, un, saka Venters, gandrīz visu, ko var izmērīt. persona, tos neatverot. Šī informācija tiks ievadīta datubāzē, ko var izmantot, lai atklātu saiknes starp gēniem un šīm pazīmēm, kā arī slimībām.

Bet tam būs nepieciešama liela datu apkopošana. Lai iegūtu šīs prasmes, Venters pieņēma darbā Francs Očs , mašīnmācības speciālists, kas vada Google tulkotāju. Tagad Och izmantos līdzīgas metodes genomu pētīšanai datu zinātnes un programmatūras veikalā, ko Venter izveido Mauntinvjū, Kalifornijā.

Noma tiek pieņemta tieši tad, kad Google pati ir uzsākusi līdzīgi izklausošus pasākumus, lai sāktu vākt biomedicīnas datus (skatiet sadaļu What’s a Moon Shot Worth This Days). Venters Google plānus par biomedicīnas datubāzi sauc par mazu soli, kas ir daudz mazāka mūsu darbības versija.

Skaidrs ir tas, ka genoma izpēte un datu zinātne apvienojas jaunos veidos un daudz plašākā mērogā nekā jebkad agrāk. Mēs jautājām Venteram, kāpēc.

Kā mums klājas genomikā?

Manuprāt, nav bijis ievērojams skaits progresu. Viens no iemesliem ir tas, ka genomika ievēro ļoti lielu skaitļu likumu. Man ir mans genoms 15 gadus, un es neko daudz nevaru iemācīties, jo nav tik daudz citu, ar ko to salīdzināt.

Kāpēc jūs nolīgāt mašīntulkošanas ekspertu kā savu vadošo datu zinātnieku?

Līdz šim nebija programmatūras, lai salīdzinātu manu genomu ar jūsu genomu, vēl jo mazāk ar miljonu genomu. Mēs vēlamies sasniegt punktu, kurā ir nepieciešamas dažas sekundes, lai salīdzinātu jūsu genomu ar visiem citiem. Lai to paveiktu, būs nepieciešams daudz darba.

Google tulkotājs sākās kā lēns algoritms, kura darbība prasīja stundas vai dienas un nebija īpaši precīzs. Bet Francs [Och] izveidoja mašīnmācības versiju, kas varētu iznākt tīmeklī un atrast katru rakstu, kas tulkots no vācu valodas angļu valodā vai otrādi, un mācīties no tiem. Un tad tas tika optimizēts, tāpēc tas darbojas milisekundēs.

Es pārliecināju Francu, un viņš pārliecināja sevi, ka cilvēka genoma izpratne tādā mērogā, kādā mēs to cenšamies paveikt, būs viens no lielākajiem tulkošanas izaicinājumiem vēsturē.

Kā atklāt saikni starp gēniem un slimībām ir līdzīga valodu tulkošanai?

Viss šūnā izriet no jūsu DNS koda, visiem proteīniem, to struktūras neatkarīgi no tā, vai tie ilgst sekundes vai dienas. Tas viss ir iepriekš ieprogrammēts DNS valodā. Tad tas tiek pārvērsts dzīvē. Cilvēki būs ļoti pārsteigti par to, cik daudz mēs esam DNS programmatūras sugas.

paslēpties