CDC sekvencēšanas uzplaukums 1,75 miljardu dolāru apmērā, iespējams, izmet naudu nepareizai problēmai

Ms Tech | Getty, Envato

• Kongress sūknē līdzekļus CDC, valsts un vietējā genoma uzraudzībā
• Daži štati sasniedz mērķi pārbaudīt 5% pozitīvo testu jauniem variantiem
• Bet lielākā daļa ieguvumu būs ilgtermiņa, un ASV veselības aprūpes noteikumi padara pacienta līmeņa izsekošanu gandrīz neiespējamu

Neilgi pēc prezidenta Baidena inaugurācijas vīrietim, kuram tika dota viņa atbilde uz koronavīrusu, bija vēstījums par to, kas Amerikai ir jādara. Mēs esam 43. vietā pasaulē genoma sekvencēšanas jomā, preses konferencē sacīja Džefs Zients. janvārī . Pilnīgi nepieņemami.

Atbilde, viņš ierosināja, bija veikt atbilstošu genoma sekvencēšanu, kas ļaus mums agri pamanīt variantus, kas ir labākais veids, kā tikt galā ar iespējamiem variantiem.

Zinātnieki ir veikuši Covid paraugu genomu sekvencēšanu kopš pirmā identificētā gadījuma Uhaņā; pirmās mRNS vakcīnas tika izveidotas, izmantojot ģenētisko kodu, ko janvārī publiski izlaida Ķīnas zinātnieki. Un tas ir darīts nebijušā mērogā. Decembra vidū 51 000 Covid genomu no ASV jau bija atkodēts un ievietots publiskajās krātuvēs. Tas ir septiņas reizes lielāks par gripas paraugu skaitu, ko katru gadu kārto Slimību kontroles un profilakses centri.

Lielākā daļa Covid sekvencēšanas Amerikā ir veikta akadēmiskajos centros. Tas galvenokārt ir tāpēc, ka vēl nesen tā tika uzskatīta par akadēmisku nodarbi, izsekojot vīrusa izmaiņas, par kurām tiek uzskatīts, ka tas attīstās lēni un vienmērīgi.

Saistīts stāsts

Kas nogāja greizi ar Amerikas 44 miljonu dolāru vērto vakcīnu datu sistēmu? CDC pasūtīja programmatūru, kas bija paredzēta vakcīnas ieviešanas pārvaldībai. Tā vietā to ir nomocījušas problēmas, un lielākā daļa valstu to ir pametušas.

Pat novembrī un decembrī, jo gan Lielbritānijā, gan Dienvidāfrika paziņoja par vairāk transmisīvo celmu un Dānija paziņoja, ka tā nogalinās 15 miljonus ūdeļu Lai ietvertu mutāciju, daudzi zinātnieki un sabiedrības veselības organizācijas apgalvoja, ka vīruss, visticamāk, neizdosies izvairīties no vakcīnas izraisītas imunitātes.

Tomēr, kā brīdināja virsraksti mutants koronavīruss izplatās nekontrolējams , politiķi un sabiedrība pieprasīja zināt, vai viņu pašu pagalmos nav satraucošu variantu.

Ņemot vērā nelielo sekvencēto ASV infekciju daļu, variants jau varētu būt Amerikas Savienotajās Valstīs, bet tas nav atklāts, CDC atbildēja paziņojumā. publicēts tiešsaistē .

Amerika lido akli ātri kļuva par atturēšanos ne tikai zinātniekiem, kuri meklē atbalstu savam darbam, bet arī ASV atbildes kritiķiem, kuri meklē atrisināmu problēmu. Zināmu vilšanos noteikti izraisīja neprecīza ziņojumapmaiņa: piemēram, 22. decembrī ziņoja New York Times ka mazāk nekā 40 Covid genomi ASV tika sekvencētas kopš 1. decembra. Patiesībā ASV laboratorijas publiskajos krātuvēs iesniedza gandrīz 10 000 jaunu secību šajā periodā.

Jaunajā administrācijā un CDC ātri tika saņemts finansiāls un politisks atbalsts 200 miljonu dolāru pirmā iemaksa sekvences darbam. Pēc tam martā pieņemtais palīdzības likumprojekts atvēlēja iespaidīgus USD 1,75 miljardus, lai atbalstītu valsts mēroga sabiedrības veselības programmas, kas nosaka slimības vai infekcijas, tostarp Covid-19.

CDC un PVO izvirzīja mērķi secināt 5% pozitīvo Covid gadījumu, lai izsekotu variantu izplatībai. ASV ātri sasniedza šo mērķi, galvenokārt maksājot privātām testēšanas laboratorijām, lai tās secinātu nelielu skaitu pozitīvu paraugu.

CDC un PVO izvirzīja mērķi secība 5% pozitīvo gadījumu lai izsekotu variantu izplatību — skaitlis, kas balstīts uz pirmsdrukas pētījumu, ko veica dominējošais Covid sekvenceru ražotājs Illumina.

ASV ātri sasniedza šo mērķi, galvenokārt maksājot privātām testēšanas laboratorijām, lai tās secinātu nelielu skaitu pozitīvu paraugu. Marta pēdējā nedēļā, kad tika ziņots par 450 000 jauniem gadījumiem, ASV laboratorijas, tostarp akadēmiskās laboratorijas, kuras finansēja ar citām programmām, iesniedza 16 143 anonimizētas sekvences GISAID, globālā bioloģisko datu krātuve, un 6811 sekvences iesniedza Nacionālajam biotehnoloģijas informācijas centram. vai NCBI.

(Tomēr šajā periodā bija viens no zemākajiem gadījumu skaita rādītājiem pēdējo sešu mēnešu laikā; lai janvāra maksimuma laikā secinātu 5%, ASV laboratorijām būtu bijis jāiztērē vairāk nekā miljons dolāru dienā, lai secinātu piecas reizes vairāk paraugu.)

Amerikai vajadzētu būt lieliskai vietai, kur pētīt Covid ģenētisko evolūciju. Tajā ir plaši izplatītas infekcijas, ģenētiski daudzveidīga populācija un lielākais vakcinēto personu skaits pasaulē. Bet, neskatoties uz genoma sekvencēšanas pieaugumu, daži sabiedrības veselības eksperti un zinātnieki tagad domā, kas tiek darīts ar visu šo informāciju un cik sasniedzami ir lauka mērķi.

Savā vietnē, kurā aprakstīta genoma uzraudzība, CDC saka, ka sekvencēšana var izsekot, vai varianti ir iemācījušies izvairīties no vakcīnām vai ārstēšanas. Taču aģentūras novērošanas secības programma nesaista nevienu no tās sekvencēm ar cilvēkiem, no kuriem viņi nāca, neatkarīgi no tā, vai viņi ir vakcinēti un cik slimi viņi saslima.

Tikmēr lielākais arguments šāda veida anonīmai novērošanas secībai ir tas, ka tā ļauj amatpersonām savlaicīgi brīdināt par iespējamām izmaiņām lietu likmēs. Taču, reaģējot uz ziņām, ka Amerikā ir plaši izplatīti vairāk transmisīvo variantu, štati ir mīkstinājuši masku mandātus un atsākuši ēdināšanu iekštelpās.

Mēs runājām ar vairākiem sekvencēšanas ekspertiem, kuriem bija tieša pieredze pandēmijas laikā, un dzirdējām to pašu no daudziem no viņiem: pārvēršot novērošanas datus noderīgās zināšanās, ASV saskaras ar milzīgiem juridiskiem, politiskiem un infrastruktūras šķēršļiem, daži no tiem ir nepārvarami.

Ja vien zinātnieki un politikas veidotāji nejautās, kāpēc viņi vēlas Covid sekvences un kā vislabāk izmantot šos datus, genoma uzraudzība dos mazāku atdevi, un liela daļa tās potenciāla, visticamāk, tiks izniekota.

Amerikas Savienotajās Valstīs ir ārkārtīgi grūti to izdarīt labi, saka Leins Vormbrods, Džona Hopkinsa Veselības drošības centra vecākais analītiķis. Es būtu ļoti vīlies, ja visa šī nauda tiktu novirzīta tikai vesela virknes Covid sekvenču iegūšanai un nebūtu jādomā par to, lai izveidotu kaut ko, kas ilgstošs.

Ko nevar paveikt novērošanas secība

Nav šaubu, ka sekvencēšana ir bijusi revolucionāra sabiedrības veselībai, jo īpaši tāpēc, ka mRNS vakcīnas tika izstrādātas, izmantojot secības, kas tika publiskotas tikai mēnesi pēc tam, kad kāds vīrietis ieradās Uhaņas slimnīcā ar dīvainu slimību.

Uzraudzības sekvencēšana, kas identificē pozitīvo testu daļas ģenētisko kodu un meklē izmaiņas laika gaitā, var palīdzēt pētniekiem izsekot vīrusa evolūcijai. Ja viens celms palielinās ātrāk nekā citi, pētnieki var to izmantot turpmākai izmeklēšanai.

Mūsu uzraudzība ir nepilnīga, taču mēs varam redzēt, kad un kur mēs saņemam pārraidi visā reģionā, un identificēt plaša mēroga pārmaiņu modeļus, saka Dankans Makkanels, Uzlabotās molekulārās noteikšanas biroja jeb OAMD galvenais zinātņu speciālists. CDC birojs, kas ir atbildīgs par valsts sekvences centienu paplašināšanu.

Uz jautājumu, kāpēc uzraudzības secība ir tik svarīga, iestādes parasti atbild, ka tā var palīdzēt izsekot, kā celms uzvedas reālajā pasaulē. Tomēr bieži vien šādi argumenti sajauc divas lietas: anonimizētu pozitīvo testu paraugu ņemšanu un mērķtiecīgas analīzes izmantošanu, lai izprastu konkrētus, identificējamus gadījumus.

The CDC lapa par Covid variantu novērošanas secību Piemēram, apgalvojumi, ka ģenētisko secību datu rutīnas analīze var palīdzēt noteikt variantus ar spēju izvairīties no dabiskas vai vakcīnas izraisītas imunitātes un izraisīt cilvēkiem vieglākas vai smagākas slimības.

'Tikai tāpēc, ka jūs biežāk redzat variantu, vai tas nozīmē, ka tas patiešām ir pārnēsājamāks? Var būt. Mums ir jādara vairāk zinātnes, lai saprastu, vai tas dara kaut ko tādu, par ko mēs patiesībā uztraucamies.

Zinot, kad varianti mācās izvairīties no imūnsistēmas, zinātniekiem var pateikt, vai viņiem ir jāmaina vakcīnu formulas. Taču secības nevar jums pastāstīt par šīm lietām, ja vien tās nav saistītas ar informāciju par cilvēkiem, no kuriem tie nāk. Tas bieži vien nav iespējams saskaņā ar ASV noteikumiem.

Tas, ka jūs biežāk redzat variantu, nozīmē, ka tas tiešām ir pārnēsājamāks? Varbūt, saka Braiens Krūgers, LabCorp pētniecības un attīstības tehniskais direktors, kuram ir covid sekvencēšanas līgums ar CDC. Mums ir jādara vairāk zinātnes, lai saprastu, vai tas dara kaut ko tādu, par ko mēs patiesībā uztraucamies.

Šis LabCorp līgums ir daļa no OAMD primārās sekvencēšanas programmas, kas maksā lielām testēšanas laboratorijām visā valstī, lai secinātu tūkstošiem pozitīvu Covid testu. Projektā galvenokārt tiek meklēti varianti, kas rada bažas, celmi, par kuriem jau ir aizdomas, ka tie rada sliktākus rezultātus vai izplatās ātrāk. Tas arī izseko, kad un kur izplatās dažādi Covid-19 ciltskoka zari un kuras ģenētiskās izmaiņas parādās atkārtoti. Ja viens vīrusa atzars aug ātrāk nekā citi vai viena mutācija turpina parādīties dažādās ģimenēs, tai var pievērst uzmanību.

Tajā pašā laikā OAMD savāc neapstrādātus paraugus no sabiedrības veselības laboratorijām visā valstī, lai pētītu laboratorijā, audzē vīrusu paraugus traukos un salīdzina tos ar ārstniecības līdzekļiem un pacientu antivielām. Šie mēģenes pētījumi ir avots jaunākajiem virsrakstiem par variantiem, kā izvairīties no vakcīnu nodrošinātās aizsardzības. Viņiem ir arī tendence ievērojami pazemināt imūno aizsardzību pret slimībām, kurām ir daudz mehānismu, kas pārklājas.

Taču pacientu privātuma un citu prasību dēļ, kas tiek ieviestas normatīvajai uzraudzībai, visi šie paraugi, kā arī visas secības, ko tie savāc no laboratorijām, tiek apzināti deidentificēti: tiem nav nekāda sakara ar attiecīgo pacientu.

Ņemot vērā 10 000 pēdu skatu

Saskaņā ar MacCannell teikto, OAMD neplāno kontekstualizēt savus deidentificētos datus ar klīnisko informāciju.

Šie līgumi ir izveidoti, lai sniegtu mums 10 000 pēdu skatu, saka MacCannell.

Pat ja tā savās analīzēs vēlētos apvienot novērošanas secības ar pacientu informāciju, aģentūra cīnītos ar masīvu cīņu. ASV lielākā daļa pacientu ierakstu — pārbaužu rezultāti, imunizācijas informācija, slimnīcu ieraksti — ir izkaisīti daudzās nesaistītās datubāzēs. Neatkarīgi no tā, vai šo datu īpašnieki ir vai nav ieinteresēti nodot informāciju valdībai, tās vākšanai parasti ir jāsaņem katras personas piekrišana, kas ir ļoti darbietilpīgs pasākums.

Saistīts stāsts

Cik lielai zinātnei neizdevās atklāt cilvēka smadzeņu noslēpumus

Lieli, dārgi centieni kartēt smadzenes sākās pirms desmit gadiem, bet lielākoties ir bijuši neveiksmīgi. Tas ir labs atgādinājums par to, cik sarežģīts ir šis orgāns.

Tā vietā, lai mēģinātu risināt šos jautājumus valsts līmenī, secības līgumi ļauj atsevišķām sabiedrības veselības aģentūrām pieprasīt to cilvēku vārdus un kontaktinformāciju, kuru tests ir pozitīvs attiecībā uz satraucošiem variantiem. Bet tas tikai nospiež tās pašas problēmas saistībā ar datu īpašumtiesībām.

Daži štati ir ļoti labi un vēlas daudz uzzināt par variantiem, kas cirkulē viņu štatā, saka LabCorp pārstāvis Braiens Krūgers. Pārējās valstis nav.

Sabiedrības veselības epidemiologiem bieži ir maz pieredzes ar bioinformātiku, izmantojot programmatūru, lai analizētu lielas datu kopas, piemēram, genoma sekvences. Tikai dažām aģentūrām ir jau esošas sekvencēšanas programmas; pat ja viņi to darītu, katra jurisdikcija analizē tikai nelielu datu kopas daļu, samazina to, cik daudz zināšanu var iegūt par uzvedību reālajā pasaulē.

Tomēr, lai apietu šīs problēmas — atvieglotu secību un klīnisko metadatu savienošanu plašā mērogā, būtu nepieciešama ne tikai privātuma noteikumu pamatreforma. Tas nozīmētu visas ASV veselības aprūpes sistēmas reorganizāciju, kur katra no 64 sabiedrības veselības aģentūrām darbojas kā federālās zemes, un nav informācijas vai varas centralizācijas.

Metadati ir vienīgais lielākais nesašķelts rieksts, saka Džonatans Kviks, Rokfellera fonda pandēmijas reaģēšanas, sagatavotības un profilakses rīkotājdirektors. (Rokfellera fonds palīdz finansēt segumu MIT Technology Review, lai gan tam nav redakcionālas uzraudzības.) Tā kā sabiedrības veselības ekspertiem ir tik grūti apkopot pietiekami lielas datu kopas, lai patiešām izprastu reālās pasaules variantu uzvedību, mūsu izpratnei ir jānāk no Viņš saka, ka vakcīnu ražotāji un slimnīcas, kas pievieno secību saviem klīniskajiem pētījumiem.

Viņu satrauc tas, ka elektroniskajos medicīniskajos ierakstos, imunizācijas reģistros un citos avotos jau ir tik daudz milzīgu noderīgas informācijas datu kopu, taču tos nevar viegli izmantot.

Ir daudz vairāk, ko varētu iemācīties un iemācīties ātrāk, bez važām, ko mēs uzliekam šo datu izmantošanai, saka Kviks. Mēs nevaram paļauties tikai uz vakcīnu uzņēmumiem, kas veic uzraudzību.

Valsts līmeņa bioinformātikas veicināšana

Ja sagaidāms, ka sabiedrības veselības laboratorijas vairāk koncentrēsies uz variantu izsekošanu un izpratni, tām būs nepieciešama visa iespējamā palīdzība. Galu galā kaut ko darīt ar variantiem katrā gadījumā atsevišķi ir sabiedrības veselības darbs, savukārt kaut ko darīt ar variantiem politikas līmenī ir politisks.

Sabiedrības veselības laboratorijas parasti izmanto genomiku, lai atklātu citādi slēptu informāciju par uzliesmojumiem vai kā daļu no izsekošanas un izsekošanas pasākumiem. Agrāk savienojuma izveidei tika izmantota secība E. coli uzliesmojumiem konkrētās saimniecībās, identificēt un pārtraukt HIV pārnešanas ķēdes, izolēt ASV Ebolas gadījumus un sekot ikgadējiem gripas modeļiem.

Pat tie, kuriem ir labi izveidotas programmas, genomiku izmanto taupīgi. Pēdējās desmitgades laikā sekvencēšanas izmaksas ir dramatiski samazinājušās , taču process joprojām nav lēts, jo īpaši valsts un vietējām veselības iestādēm, kurām trūkst naudas. Pašas iekārtas maksā simtiem tūkstošu dolāru, lai to iegādātos un vēl vairāk par darbināšanu: Illumina, viens no lielākajiem sekvencēšanas iekārtu ražotājiem, saka, ka laboratorijas tērē vidēji 1,2 miljoni ASV dolāru katru gadu par piegādēm katrai savai iekārtai.

Mēs palaidīsim garām daudzas iespējas, ja tikai piešķirsim veselības departamentiem naudu programmu izveidei bez federālās stratēģijas, lai visi zinātu, ko dara.

Veselības aģentūrām nav vajadzīga tikai nauda; viņiem ir vajadzīgas arī zināšanas. Uzraudzībai ir nepieciešami augsti apmācīti bioinformātiķi, lai secības garās burtu virknes pārvērstu noderīgā informācijā, kā arī cilvēki, lai izskaidrotu rezultātus ierēdņiem un pārliecinātu viņus pārvērst visas gūtās mācības politikā.

Par laimi, OAMD ir strādājis, lai atbalstītu valsts un vietējos veselības departamentus, cenšoties izprast savus secības datus, nodarbinot reģionālos bioinformātiķus, lai konsultētos ar sabiedrības veselības darbiniekiem un atvieglotu aģentūru centienus dalīties pieredzē.

Tas arī iegulda simtiem miljonu, veidojot un atbalstot šo aģentūru pašu sekvencēšanas programmas — ne tikai Covid, bet arī visiem patogēniem.

Taču daudzas no šīm aģentūrām saskaras ar spiedienu sekvencēt pēc iespējas vairāk Covid genomu. Ja nav vienotas datu vākšanas un analīzes stratēģijas, nav skaidrs, cik noderīgas šīs programmas būs.

Mēs palaidīsim garām daudzas iespējas, ja tikai piešķirsim veselības departamentiem naudu programmu izveidei bez federālas stratēģijas, lai visi zinātu, ko viņi dara, saka Warmbrod.

Sākotnējās vīzijas, uzurpētas

Marks Pandori ir Nevadas štata sabiedrības veselības laboratorijas direktors, viena no OAMD atbalstītajām programmām. Viņš gadiem ilgi ir bijis spēcīgs genoma uzraudzības atbalstītājs. Pirms pārcelšanās uz Reno viņš vadīja sabiedrības veselības laboratoriju Alamedas apgabalā, Kalifornijā, kur palīdzēja izveidot programmu, izmantojot sekvencēšanu, lai izsekotu infekciju izplatībai slimnīcās.

Viņš saka, ka lielākais izaicinājums sabiedrības veselības genomikas programmām ir secību pārvēršana izmantojamos datos.

CDC var teikt: 'Pērciet virkni sekvencēšanas iekārtu, veiciet veselu virkni sekvencēšanas.' Bet tas neko nedara, ja vien šo datu patērētāji nezina, kā tos izmantot un nezina, kā tos lietot, viņš saka. . Es runāju ar jums par robotiku, kas mums ir nepieciešama, lai katru dienu sakārtotu lietas, taču veselības departamentiem ir nepieciešams vienkāršs veids, kā uzzināt, vai gadījumi ir saistīti.

Runājot par variantiem, sabiedrības veselības laboratorijas ir pakļautas tādam pašam spiedienam, ar ko saskaras CDC: ikviens vēlas zināt, kādi varianti cirkulē, neatkarīgi no tā, vai viņi var kaut ko darīt ar informāciju.

Pandori uzsāka savu Covid sekvencēšanas programmu, cerot samazināt darbaspēku, kas nepieciešams, lai izmeklētu iespējamos Covid uzliesmojumus, ātri nosakot, vai gadījumi, kas fiksēti viens otra tuvumā, ir saistīti vai nejauši.

Viņa laboratorija bija pirmā Ziemeļamerikā, kas identificēja ar Covid-19 atkārtoti inficētu pacientu, un vēlāk atrada B.1.351 variantu slimnīcā ievietotam vīrietim, kurš tikko bija atgriezies no Dienvidāfrikas. Ar ātru kontaktu izsekošanu veselības departaments spēja novērst tā izplatīšanos.

Viņš saka, ka apgabalu veselības departamenti ir novirzījuši savas prioritātes no šīm izmeklēšanām, kas tiek veiktas uz vietas, reaģējot uz sabiedrības uzmanību uz zināmu satraucošu variantu novērošanu. Viņš ir diezgan skeptisks par to.

Mans sākotnējais redzējums par tā izmantošanu kā epidemioloģisko un slimību izmeklēšanas rīku ir uzurpēts, izmantojot to kā variantu skenēšanu, saka Pandori. Tas ir sava veida jauns posms laboratorijas pārbaudēs. Laikam jau no nepietiekamas pārbaudes esam kļuvuši par nepietiekamu ģenētisko secību. Tas ir tas, ko cilvēki saka tagad.

(Pandori nav vienīgais, kura pētnieciskās intereses ir novirzījušas uz novērošanu. Krūgers izveidoja LabCorp Covid sekvencēšanas programmu, cerot izpētīt, kā varianti attīstās atsevišķos pacientos. Šķiet, ka mūsdienās valūta ir, cik pilnus genomus varat iesniegt uz dažādām datu bāzēm? viņš saka.)

Katru mēnesi Pandori laboratorija pēc pieprasījuma nosūta 40 paraugus uz CDC. Komanda arī sekvencē 64 savus paraugus dienā. Ja viņiem nav pietiekami daudz jaunāko paraugu, viņi iegremdējas arhīvos; līdz šim viņi ir atgriezušies pie paraugiem no novembra.

Kas attiecas uz 5% Nevadas gadījumu sekvencēšanu, lielāko daļu pārbaužu štatā veic privātas laboratorijas, kuras parasti izmet paraugus, pirms tos var secināt. Viņš saka, ka paraugi, kurus pārbauda privātās laboratorijās vai antigēnu testos, tiek zaudēti uzraudzībai.

Pandori saka, ka viņš nav dzirdējis no CDC vai sabiedrības veselības departamenta par CDC laboratoriju programmas variantu datiem.

Dariet to, jo jums ir jautājums

ASV var saskarties ar unikālām grūtībām, savienojot variantu secības ar to uzvedību reālajā pasaulē, taču katra sistēma saskaras ar savām problēmām. Pat valstis ar labi attīstītām valsts veselības aprūpes sistēmām cīnās, lai atrisinātu milzīgo datu apjomu, kas būs nepieciešams, lai patiešām saprastu, ko dara šīs ģenētiskās izmaiņas.

Faktiski ir maz valdību, kas to dara, un, iespējams, tikai viena to dara veiksmīgi apjomīgi.

COG-UK, akadēmisko un valdības laboratoriju konsorcijs Lielbritānijā, organizēja pirmo lielāko Covid sekvencēšanas pasākumu pasaulē un tiek plaši uzskatīts par spožo zvaigzni šajā jomā. Tās zinātnieki ir ne tikai sekvencējuši gandrīz divreiz vairāk paraugu nekā ASV, bet arī pirmie, kas identificēja un raksturoja variantu ar palielinātu pārraidi.

Dariet to, jo jums ir jautājums. Ja nē, lūdzu, pārtrauciet izmantot visus mūsu Illumina reaģentus. Mūsu piegādes ķēdes ir zaudējušas aizplūšanu, kopš ASV paziņoja, ka tās gatavojas palielināt secības jaudu.

Viņi to visu ir paveikuši par mazāk nekā 50 miljoniem sterliņu mārciņu (69 miljoniem USD), norāda konsorcija zinātnisko projektu vadītājs Lejs Džeksons. Viņš saka, ka ir diezgan aizraujoši salīdzināt mūsu izmaksas ar to, ko privātais sektors iekasē par šāda veida pakalpojumiem, viņš saka, norādot, ka lielākā daļa darbaspēka nāk no akadēmiskajām laboratorijām, kuras galvenokārt iekasē maksu par materiāliem.

Pārsvarā objektīvs numur viens būs izpratne par vakcīnas evakuācijas mutācijām reālajā pasaulē. Tas notiks. Tā kā mums tagad ir tik plašs pārklājums un jauda, ​​mums vajadzētu tos redzēt diezgan ātri, saka Džeksons.

Šis darbs ir iespējams, jo gan sabiedrības veselība, gan medicīna Apvienotajā Karalistē ir nacionalizēta, tāpēc testi un vakcīnu ieraksti ir marķēti ar pacientu unikālo NHS numuru. COG-UK ir nepieciešami tikai daži datu koplietošanas līgumi, lai saistītu visus 400 000 sekvencētos paraugus ar vakcīnu sarakstiem un augstākā līmeņa slimnīcu datiem. Tas nenozīmē, ka šo datu kopu apvienošana ir vienkārša; grupa pašlaik veido racionalizētu sistēmu, lai savienotu visas pārējās atvienotās sistēmas, automatizējot jaunu datu augšupielādi un atvieglojot partneriem piekļuvi.

Džeksons priecājas dzirdēt par labi izstrādātu sekvencēšanas programmu paplašināšanu, taču viņš apšauba masveida sekvencēšanu, kas tiek veikta bez skaidri noteiktiem mērķiem.

Nedariet to tāpēc, ka tas ir balsojuma ieguvējs, tas izskatās labi, vai arī tas iepriecina cilvēkus. Dariet to, jo jums ir jautājums, viņš saka. Ja nē, lūdzu, pārtrauciet izmantot visus mūsu Illumina reaģentus. Mūsu piegādes ķēdes ir zaudējušas aizplūšanu, kopš ASV paziņoja, ka tās gatavojas palielināt secības jaudu.

No parauga līdz

Sabiedrības veselībā — atšķirībā no fundamentālajiem pētījumiem — zināšanas ir spēks tikai tad, ja tās nāk ar rīcību. To sauc Kviks no Rokfellera fonda, pārejot no izlases uz “Ko tad?”

Secības ir jāsavieno ar imunizācijas datiem masveidā, lai pateiktu kaut ko par vakcīnas efektivitāti. Lēmumu pieņēmējiem ir jāreaģē uz variantiem, ja to secībai būs nozīme. (Šobrīd daudzi ASV štati atkal atver kinoteātrus un ēdināšanu iekštelpās, neskatoties uz skaidriem pierādījumiem, ka pārnēsājami celmi izraisa saslimšanas gadījumu skaitu visā valstī.)

Saistīts stāsts

Nākamais ziņojuma RNS akts varētu būt lielāks nekā Covid vakcīnas

Jaunās vēstnesis RNS vakcīnas cīņai pret koronavīrusu ir balstītas uz tehnoloģiju, kas var pārveidot medicīnu. Nākamais: sirpjveida šūna un HIV.

Warmbrod no Johns Hopkins cer, ka šī nauda tiks izmantota proaktīvi, domājot par nākotni, nevis reaģējot.

Kad es atgriežos un skatos sešus, septiņus gadus vecus papīrus, man šķiet: 'Ak Dievs, mēs esam zinājuši par šo problēmu jau gadiem ilgi, un mēs neko nedarījām,' viņa saka. Neatkarīgi no tā, kādus rīkus un infrastruktūru mēs tagad veidojam, tos var izmantot daudz vairāk nekā tikai Covid.

Makkanells uzskata to pašu: mūsu uzdevums ir izdomāt, kā paplašināt genoma uzraudzību visā ASV sabiedrības veselības sistēmā tādos veidos, kas nav saistīti tikai ar Covid. Mēs vēlamies gūt pieredzi un plaši izmantot tās.

Ikviens nāk par labu, ja šī plašā naudas injekcija tiek izmantota ne tikai vienas krīzes gadījumā, bet arī gatavojoties nākamajai. Tā piedāvā reālu iespēju novērst plaisas mūsu sabiedrības veselības sistēmā un izveidot stabilas institūcijas, kas mazina atšķirības veselības jomā, spēcīgi reaģē uz iespējamiem draudiem un turpina darboties krīzes apstākļos.

Tajā pašā laikā, ja CDC vēlas maksimāli izmantot savu kā valsts sabiedrības veselības aģentūras lomu, tai būtu jāizmanto visi tā rīcībā esošie resursi, tostarp šī plašā reālās pasaules variantu secību krātuve, lai izsekotu reālās pasaules. uzvedība, piemēram, izvairīšanās no vakcīnas izraisītas imunitātes.

Ja tas netiek darīts, var būt nāvējošas sekas.

Mēs gatavojamies imunizēt planētu, un es esmu diezgan noraizējies, saka Kviks. Mums ir jādalās ar šiem datiem, lai mēs neieguldītu milzīgu laiku un pūles, lai imunizētu pēc iespējas vairāk cilvēku, lai tikai secinātu, ka tā ir daudz mazāk efektīva, nekā mēs domājām. Tas nozīmē vairāk zaudētu dzīvību un vairāk zaudētas uzticamības vakcīnām.

Šis stāsts ir daļa no Pandēmijas tehnoloģiju projekta, ko atbalsta Rokfellera fonds.

paslēpties